エンドウヒゲナガアブラムシゲノムのドラフト配列が公開されました。アブラムシゲノム解析コンソーシアムによる成果で、ゲノムの解読とアノテーションともに、日本からも複数の研究者が参加をしています。
●論文：Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
The International Aphid Genomics Consortium
アブラムシは集団で植物の栄養分を奪うと同時に、植物ウイルスの媒介者でもあることから農業害虫としてよく知られている虫です。子供の頃、庭でてんとう虫を捕まえたときに「アブラムシを食べてくれる良い虫なんだよ」と諭されて「アブラムシ＝しつこい悪者」というイメージができてしまった人も少なくないのではないでしょうか？ このアブラムシ、単為発生と有性生殖を切り替えるところが大量発生するポイントだったり、アミノ酸供給に役立つブフネラという細菌と２億年も昔から共生関係にあったり、環境に応じてさまざまな表現型をもった個体が生まれてくるなど、特異な現象をみせてくれる虫です。こうしたアブラムシの生物学的な面を知るとますます、「したたかに生きているなあ」もう少し良く言えば（？）、「一寸の虫にも五分の魂とはこのこと！？」と思わずにはいられないのは私だけでしょうか。今回解読したゲノムの解析から、さらに新しい知見が色々と得られていますが、それについては各分担機関のプレスリリースに詳述されていますので、論文と合わせてご覧ください。また、共生細菌のブフネラについては既に2000年にゲノム解読が完了していましたが(プレスリリース：理研、東大)、今回、宿主のゲノム解読と同時にあらためてブフネラゲノムについても解読、既知のブフネラゲノムとの比較解析を行っています。
●プレスリリース：理研：世界的な農業害虫「アブラムシ」のゲノム解読に成功
●プレスリリース：基礎生物学研究所：世界的な農業害虫「アブラムシ」のゲノム解読に成功
ここでは、統合DBの観点から今回の報告をながめてみたいと思います。配列解読の手法としては次世代シーケンサを用いた解析ではなく従来のサンガー法によるものです。今回のプロジェクトでは配列解読だけでなくアノテーションの仕事に関しても、コミュニティのなかで協力し、積極的に取り組んでいる様子が伺えます（アブラムシゲノム解析コンソーシアムのWikiも公開されています）。遺伝子モデルについては各種プログラムによる自動的な予測に加えて、そこから着目した2000以上の遺伝子に対しては人手によるキュレーションが施されています。遺伝子モデルに対する機能アノテーションについては、論文を読む限りでは今のところ、系統樹解析をもとにしたオーソログの予測からショウジョウバエのGene Ontologyを自動的に付与しています。これらのアノテーション情報を含むゲノム配列データには、 AphidBaseからアクセスすることができます。
●データベース：AphidBase
ヒト関連のゲノム解読については、ネアンデルタール人のゲノム配列の一部解読、 個人ゲノムの解読と広がりを見せていますが、 今回は古代人のディプロイドゲノムの大半（80%）を解読したとの報告がでてきました。
Ancient human genome sequence of an extinct Palaeo-Eskimo
グリーンランドの永久凍土から出土した4000年前の男性の毛髪を用いていますが、 他の頭骨などの発掘はこれまでほとんどなく、絶滅してしまったこの古代人の姿を描くことは難しかったとのこと。 SNP解析が可能なほど質の高いゲノム解読に成功したおかげで、皮膚や目の色など古代人の顔の形質を推測し、現代人とのつながりを想像できるようになったことにはインパクトを感じますね（顔の想像図はNatureの表紙を飾っています）。この古代人は極東アジア地域に住む民族にもっとも近く、5500年ほど前にシベリアから移住してきたのではないかと考えられるようです。
実際の解析の流れは、ライブラリー作成をデンマークのコペンハーゲン大学 Copenhagen ancient DNA laboratoryが担当、配列解読については北京ゲノム研究所をはじめとする施設のIllumina GA�競廛薀奪肇侫�ームを用いて行われています。ゲノム解析データにはAncient Genome Databaseからアクセスできます。
毎度 タイムリー性に欠けて恐縮ではありますが、今年も1月にNucleic Acids Research (NAR) の2010 Database Issueがでました（NAR 2010 DB issue）。
今年のDB issueがどんな感じかというのは、The 2010 Nucleic Acids Research Database Issue and online Database Collection: a community of data resources（平たく言えばEditorial）を詳しくは見てもらうといいかと思います。ダイジェストすると、今年は、新規が53、アップデートが73。特に書くとすると、
Continuing a decade-long tradition, the Database Issue and Database Collection serve two functions:
(i) to introduce molecular and cell biologists that make up the regular readership of NAR to the databases that might be useful to them
and
(ii) to provide database developers a venue to publish articles to promote their resources and introduce their work to the community that might benefit from it.
という感じでしょうか。
同じ、Oxfordから、Database: The Journal of Biological Databases and Curationという雑誌も去年 刊行されたので、NAR DB issueには（投稿規定の制限から）載せられないものについては、こちらにもどうぞ、とも書いてありました（上記 ii に関して）。
この「統合ぐらし」のアクセスログなどを眺めていても、次世代シーケンサが最近のトレンドかと思いますが、そのデータをどうアーカイブするかについて、いくつか論文がありますので、原理だけでなく、データの登録についても知っておくとよいかと思います。
Archiving next generation sequencing data
(Martin Shumway, Guy Cochrane, and Hideaki Sugawara)
DDBJ launches a new archive database with analytical tools for next-generation sequence data
(Eli Kaminuma, Jun Mashima, Yuichi Kodama, Takashi Gojobori, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Toshihisa Takagi, and Yasukazu Nakamura)
Improvements to services at the European Nucleotide Archive
(Rasko Leinonen et al.)
NCBIのSRAは
Database resources of the National Center for Biotechnology Information
(Eric W. Sayers et al.)
今までは、updateはupdateの部分だけを書け、ということだったのですが、今年からは、ユーザーのわかりやすさ重視で、既存の部分も書いてよいとなったそうなので、NCBIのところも、割と広く書かれている、という印象です。
他には、日本からだとバイオリソースやCyanobaseの論文などが出ています。
本来は、日本のグループからの論文をすべて紹介すべきかもしれませんが、すみません。
他に、おもしろそうなものをいくつか載せておきます。（タイトルで判断ですが。。。）
- Non-redundant patent sequence databases with value-added annotations at two levels
- Chemical Entities of Biological Interest: an update
- The Gene Ontology in 2010: extensions and refinements
- The Protein Naming Utility: a rules database for protein nomenclature
- The Gene Wiki: community intelligence applied to human gene annotation
- BioNumbers―the database of key numbers in molecular and cell biology
ちょっとアノテーションに寄りすぎですかね。。。
この、NAR 2010 DB issue に載っているデータベースについても、統合データベースプロジェクトの中で、データベースカタログに盛り込まれる予定です。
今日と明日は、久留米ビジネスプラザにおじゃまして、統合データベース講習会 AJACS筑後を開催しています。
今回は、社会人の方が割と多めです。全体で20人程度でした。
気がつけば、今年はまだ挨拶もしていませんでした。明けましておめでとうございます。（いや、もう1月も半分 終わりですが）
年も改まって、2010年となりましたが、この1月1日をもって著作権法も改正されました。
大きな変更点は、以下のとおりです。
情報源としては、概観は文科省での法律案のサイト（特に概要のPDF）、詳細は文化庁による平成21年 著作権法改正のサイトがよいかと思います。
統合ホームページからは、日本語コンテンツとして蛋白質核酸酵素全文検索を提供しているわけですが、 例えば、Google Scholarを検索してみればわかるように、他にも日本語コンテンツはさまざまあります。今回、上記で太字で示したように、これらを検索エンジン用としてクロール（データ収集）したり、テキストマイニング研究を行うためにダウンロードすることについて、著作権者の許可がいらなくなった、ということで、今まで、ネット上に公開されて、いわば死蔵されていた日本語文章を新たに掘り返して、ライフサイエンス分野の研究を進めるために役立てられるようにできると思っています。
_ at [Editorialのダイジェスト役立ちです！]